некоторые провода у старых и новых реле расположены по-другому

Где именно? Если на входе в корпус реле, то тут ничего страшного, просто уложили иначе. На фишках, как я вижу, цветовая маркировка совпадает, так что проблем с подключением быть не должно.

Если хочется стопроцентно проверить без установки, то подайте переменное трёхфазное напряжение на белые провода, и замеряйте постоянное напряжение между чёрным (масса) и красным (+ бортовой сети), должно быть 14.2В +-1В. Коричневый и жёлтый, как понимаю, это возбуждение генератора, какое-то там напряжение тоже должно быть, но уровень не подскажу.

Расположил отверстиями по движению потока (у цилиндра), все работает.
Вероятно, все равно как их располагать, нигде не нашел информации по этому.
Прошу закрыть тему.

Возможно, распредвалы от китайского клона вираги стояли? Хотя зачем...

Как человек, не имеющий отношения к электрике - частично переделывал проводку на своей 5Е5.
Переделывал узлами (1 пульт, 2 пульт), выборочно заменял провода в общей косе заменял. Сейчас занимаюсь блоком генератора.
После моих переделок все хорошо работает, проблем не было. Новые провода подбирал, чтобы примерно по сечению подходили.
После того, как снял всю косу с мотоцикла - была мысль, что обратно это ад уже никогда не вернется. Однако посидев пару вечеров и просто померяв тестером что куда идет, оказалось, что картина в целом достаточно понятна, пусть и не во всех деталях.
О чем этот пост: на мой взгляд (нуба в элетрике), лучший способ переделать проводку - по частям, заменяя старые провода и блоки на новые.
Время от времени проверяя всю косу на работоспособность, подключая ее к мотоциклу.
То есть не есть слона сразу, а по кусочкам 

Фото: