Я предполагаю,что грелся регулятор из-за "перекоса фаз". Вся нагрузка легла на плечи четырех диодов и двух симисторов, вместо шести. Возрос ток,возрос нагрев.
но и это не главное,-частично пропал шунтирующий эффект. Про него много написано и разжевано в статьях про АЛЬТЕРНАТОРЫ (генераторы с постоянными магнитами) с шунтирующим регулятором. Когда в одной фазе такого генератора,пропадает напряжения,на двух других оно резко растет, регулятор пытается справится с возросшим напряжением, симисторы долгое время остаются открытыми, растет ток через симисторы и конечно рассеиваемая мощность. А это как раз и есть-нагрев.
Нагрев как раз объяснить проще,чем то,что предохранитель сгорел в непонятное время. То есть 1) когда я заглушил мотор, 2) когда он просто стоял и ничего не вырабатывал, 3) в первую секунду когда я мотор заводил на следующий день.
Почему я советую,если есть возможность,то предохранители лучше поставить не только на основном проводе,но и на фазных. Целее генератор будет.